1995年7月大連海事大學(xué)與國家海洋局大連環(huán)保研究所聯(lián)合籌建海洋環(huán)境工程學(xué)院。掛靠于輪機工程學(xué)院。2000年12月學(xué)校院系調(diào)整，該學(xué)院獨立并更名環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院。
學(xué)院下設(shè)環(huán)境工程本科專業(yè)，具有環(huán)境科學(xué)碩士、博士學(xué)位授予權(quán)。學(xué)院本部下設(shè)三個教研室，一個研究所和一個實驗中心，包括海洋環(huán)境化學(xué)教研室、海洋環(huán)境工程教研室、環(huán)境監(jiān)測與評價教研室、環(huán)境工程研究所和環(huán)境教學(xué)與科研實驗中心。學(xué)科方向覆蓋海洋環(huán)境工程、海洋環(huán)境化學(xué)、環(huán)境污染治理、環(huán)境規(guī)劃管理和環(huán)境生物技術(shù)等。
學(xué)院擁有以工程院士、特聘教授和教授為帶頭人的思想活躍的學(xué)術(shù)梯隊，以博士、碩士等構(gòu)成的具有豐富教學(xué)和科研經(jīng)驗的師資隊伍，以高素質(zhì)人員構(gòu)成的管理隊伍。擁有27名在聘教職工和近10名兼職教師，共有14名教授或研究員，其中有5名博士指導(dǎo)教師和10余名碩士生指導(dǎo)教師。
海洋環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院是培養(yǎng)環(huán)境科學(xué)、環(huán)境工程、環(huán)境規(guī)劃與管理、環(huán)境污染治理以及環(huán)境監(jiān)測與評價等方面高層次人才的重要教學(xué)基地。學(xué)院承擔(dān)國家自然科學(xué)基金重點項目、交通部重點科技項目、省重點攻關(guān)項目及省科委基金資助項目多項；還承擔(dān)大型企業(yè)、集團委托的科技攻關(guān)項目。
2002年初，本院環(huán)境科學(xué)學(xué)科被確定為遼寧省重點學(xué)科。環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)科被確定為交通部"十五"期間重點建設(shè)學(xué)科。
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